枇杷的种子为扁椭圆形或近球形，长度1.2至2.0厘米，宽度0.8至1.4厘米，厚度0.4至0.8厘米，种皮呈深褐色或棕褐色，表面光滑坚硬，带有明显光泽，种脐位于种子基部，呈浅色小圆点状。单果种子数通常为2至4粒，少数大果品种可达5粒，种子占比约为果实重量的8%至12%。
枇杷是蔷薇科枇杷属的常绿乔木，果实成熟后内部包裹的种子即俗称的“枇杷核”。从外观上看，枇杷种子最显著的特征是表面极度光滑，这与桃、李等核果类种子表面粗糙有明显区别。新鲜种子呈湿润的深褐色，经晾晒后逐渐变为棕褐色或暗棕色，种皮革质且坚硬，指甲无法掐破，起到保护胚芽的作用。
枇杷种子的形态在不同品种间存在细微差异。大红袍、解放钟等常见栽培品种的种子多为扁椭圆形，两侧略微不对称；而软条白沙、白玉等白肉品种的种子则普遍偏圆形，长度与宽度之比更接近1.2:1。同一果实内部，若种子数量为2粒时，两粒种子相互接触的平面会略显平直；若为3粒以上，则各粒种子多呈不规则的棱柱状。这一特征可用于判断枇杷果实内种子的数量，无需剖开即可大致推测。
种子的内部结构同样值得关注。枇杷种子由外种皮、内种皮、胚乳和胚四部分组成。外种皮为深褐色硬壳，内种皮为紧贴胚乳的浅棕色薄膜。胚乳为白色，质地致密，含有丰富的蛋白质和脂肪，占种子干重的65%至75%。胚位于种子近脐部的位置，由子叶两片、胚芽和胚根构成，播种后胚根首先突破种皮向下生长，15至25天后胚芽出土。
与果实品质的关系上，种子数量直接影响可食率。以单果重40克的解放钟枇杷为例，含2粒种子时果肉厚度约1.1厘米，含4粒种子时果肉厚度降至0.8厘米。因此，相同大小的果实，种子越少果肉占比越高。但从繁殖角度看，种子数量充足的果实育苗时出苗数更有保障，每千克枇杷种子约800至1100粒，出苗率可达70%至85%。
关于播种育苗，枇杷种子没有休眠期，采种后应立即播种，否则失水干燥会显著降低发芽率。将种子从果实中取出后，洗净果肉残渣，阴干1至2天即可播种。播种深度控制在2至3厘米，过深会导致出苗困难，过浅则种子易被雨水冲走。在15℃至25℃的温度条件下，播种后20至35天出苗。值得注意的是，实生苗结果年限为5至8年，且后代品质分离严重，生产上多仅用种子作为砧木材料，接穗选用优良品种枝条进行嫁接繁殖。
识别优质种子的标准有三个：一看颜色，新鲜种子呈亮泽的深褐色，暗哑发灰者为陈旧种子；二按硬度，饱满种子按压时坚硬无凹陷，发软者多已霉变；三看重量，将种子投入清水中，下沉者为充实种子，上浮者通常为空瘪粒。掌握这三项判断指标，可有效避免播种后的大量缺苗损失。
此外，枇杷种子与杏核、李核容易混淆，三者区别明显：枇杷种子表面光滑无纹路、形状相对规则；杏核表面有网纹状沟壑，一端有明显尖嘴；李核表面粗糙且具有多条纵向棱线。野外采集或市场购买时，仅凭外表即可准确区分，误食需格外注意，枇杷种子含有微量苦杏仁苷，不可直接食用，育苗时应避免儿童误吞。
